Page 16 - Applied Probability

11.4 Maximum Likelihood Methods . . . . . . . . . . . . . . . . 236
11.5 Application to Haploid Data
. . . . . . . . . . . . . . . . . 238
11.6 Polyploid Radiation Hybrids
. . . . . . . . . . . . . . . . . 239
11.7 Maximum Likelihood Under Polyploidy . . . . . . . . . . . 240
11.8 Obligate Breaks Under Polyploidy . . . . . . . . . . . . . . 244
11.9 Bayesian Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 245
11.10Application to Diploid Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . 248
11.11Problems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 250
11.12References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253
12 Models of Recombination 257
12.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 257
12.2 Mather’s Formula and Its Generalization . . . . . . . . . . . 258
12.3 Count-Location Model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 260
12.4 Stationary Renewal Models . . . . . . . . . . . . . . . . . . 261
12.5 Poisson-Skip Model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 264
12.6 Chiasma Interference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 270
12.7 Application to Drosophila Data . . . . . . . . . . . . . . . . 273
12.8 Problems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 274
12.9 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 278

13 Sequence Analysis 281
13.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 281
13.2 Pattern Matching . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 281
13.3 Alphabets, Strings, and Alignments . . . . . . . . . . . . . . 283
13.4 Minimum Distance Alignment . . . . . . . . . . . . . . . . . 285
13.5 Parallel Processing and Memory Reduction . . . . . . . . . 289
13.6 Maximum Similarity Alignment . . . . . . . . . . . . . . . . 290
13.7 Local Similarity Alignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . 291
13.8 Multiple Sequence Comparisons . . . . . . . . . . . . . . . . 292
13.9 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 296

14 Poisson Approximation 299
14.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 299
14.2 The Law of Rare Events . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 300
14.3 Poisson Approximation to the W d Statistic . . . . . . . . . 300
14.4 Construction of Somatic Cell Hybrid Panels . . . . . . . . . 301
14.5 Biggest Marker Gap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 304
14.6 Randomness of Restriction Sites . . . . . . . . . . . . . . . 306
14.7 DNA Sequence Matching . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 308
14.8 Problems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 311
14.9 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 315

15 Diffusion Processes 317
15.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 317